В такой ситуации необходимо провести сверку данных: проверить журнал выписанных и полученных ЭСФ, обороты по реализации и отчёты по НДС в программе 1С. После выявления причины расхождения нужно внести корректировки в документы и при необходимости сформировать исправленные счета-фактуры.
